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再次展开了战斗， 打倒了黑暗梅菲斯特。 之后，千树怜被选为第三适能者。与合成型异生兽战斗之后，西条风成为第四任适能者，因黑暗扎基的陷阱被夺去了光，黑暗扎基也因此完全复活。 后来，孤门一辉接受「进化信赖者」成为第五任适能者，变成奈克赛斯奥特曼对战黑暗扎基。最后，由于人类绝不放弃希望的强烈信念，使得奈克赛斯奥特曼变成了最终的也是最原始的形态——诺亚奥特曼。 诺亚以压倒性的实力碾压黑暗扎基，最后用贯穿大气层的必杀技「闪电·诺亚」将黑暗扎基在宇宙中彻底粉碎。黑暗最终消散，诺亚的使命完成了 在新宿决战结束3年后，孤门成为了副队长，西条赴任北美总部一年后回国。那次事件后，西条变得越来越美丽，也越来越有女人味；姬矢再次作为摄影记者活跃在战场上； ...